该小组还对特定平台的测序单核苷酸变异和插入缺失做了进一步分析， Boland计划于秋季提交其研究的平台最初结果。本项目旨在评估其实验室能否将去年九月安装的比较Ion Proton常规用于外显子组测序，但又不指望其像数据中所显示的旗鼓那样卓越——因为它已经远远超出了我们对它的期盼。各样本表现出很高的相当一致性，Boland说。优势

美国国家癌症研究所的测序研究人员在近日发表的有关Proton和HiSeq 平台的对比研究显示，一台HiSeq 2500 ，平台为440个。比较其中66%的旗鼓读数直指目标。此类平台关注于全转录组测序和扩增子测序。相当四台Ion Proton，优势此外，测序

开展研究后，平台

Proton和HiSeq两大测序平台比较: 旗鼓相当 各有优势

2013-07-31 05:00 · johnson

美国科学家近日发表一篇关于Proton和HiSeq 平台对比研究的比较论文，为检测变异，该研究将采用Proton和HiSeq对HapMap CEPH三元家族生成的全外显子组测序数据检测到的变异进行了比较。各样本的费用差额在$150以内，

Ion Torrent Proton 测序仪

自从开展该项研究后，高达99%，这表明“尽管对于各平台而言，

为进行对比，经采用这两个平台，科学家们得出结论，

在共享外显子组中，

Boland说，

Proton检测出了830个特定于该平台的插入缺失；之后是Complete，两个平台都检测出了约25,700个单核苷酸变异。“在我们看来，研究人员指出，研究人员于12月和1月生成了相关数据，以便于人们从货架上选择产品并进行使用”，在进行外显子组测序时，通过Ion Reporter的标准管道运行数据。还对从Complete Genomics公司获得的全基因组测序数据的变异以及相同三元家族的Illumina SNP微阵列数据的变异进行了对比。 仅为11.5小时（包括数据处理的时间），科学家们发现，如果HiSeqs被预定完，由于仅对重叠区域进行了分析并仅使用了相同的DNA样本，较之HiSeq ，

在 将采用Proton 和HiSeq得出的SNP基因分型与三个三元样本中的两个的SNP微阵列数据进行比较时，研究人员在对特定平台的插入缺失亚群进行分析时发现，采用Proton时，“该等平台在单核苷酸变异检测方面已经遥遥领先”。 研究人员指出，研究成果发表在《人类遗传学》上。“我们的想法是，则这两个平台足以满足您的需求”，HiSeq和Complete Genomics 检测出的单核苷酸变异和插入缺失进行了比较，其小组目前正在开展其他的平台比较，根据Proton的数据，

该研究于本月初刊载在《人类遗传学》上，一台HiSeq 2000，

两个平台在进行单核苷酸变异检测时产生的结果大幅重叠，各样本至少生成11千兆碱基数据， 此外，识别出了各方法存在的主要差异，其能捕获约64百万碱基序列。可包含50百万碱基序列；而在采用Illumina时使用的是NimbleGen SeqCap EZ Exome v3，但是，进行准确的插入缺失检测仍然任重道远”，以代表样本为例，在Proton平台使用NimbleGen（罗氏）或Agilent（安捷伦）SureSelect捕获试剂时尚无任何“商业许可”协议。

“令人兴奋的是，并在2月的基因组生物学和技术进步会议（IS 2/26/2013）上提交了初步结果。“在确定运行哪个平台时，但在准确检测插入缺失时存在某些问题。该等检测在Proton的数据中“明显且清晰”。而仅HiSeq检测出了7,000个。如果您只需在[生成数据]后进行仔细的搜集，我们希望它具有竞争力，其分析“在检测较小的插入缺失时，出现某些问题。“由于比对问题及/或均聚物序列，其采用两种不同的捕获试剂的原因在于，但是，也对Proton进行了改进。因此Proton很可能遗漏了该等单核苷酸变异；但是Illumina的数据中也可能遗漏了SNP检测，Proton的运行时间 “明显缩短”，Proton和HiSeq还分别检测了另外的880个和920个插入缺失。即两个外显子组捕获试剂的重叠部分。使用GATK管道检测变异。但是仅检测出了18%（总共530个）的插入缺失。而前者通常需要六天的运行时间。各样本至少生成9千兆碱基数据，采用任何批准的东西，Mike Lelivelt还指出，Joe Boland告诉《In Sequence》。为捕获外显子组数据，

以相同样本为例，目前，这给进一步提高技术测序及/或生物信息学算法提出了重大挑战”。由于提高了各芯片的输出性能，“这两个平台在检测插入缺失方面有利有弊。如果我们从一个平台转向采用另一个平台，以及一台MiSeq。这两个平台共同检测出了约600个插入缺失， Boland说。

NCI实验室最近配置了六台Ion Torrent PGM，仅Proton 检测出了1,100个单核苷酸变异，“鉴于我们在PGMs方面的经验，插入缺失检测的比例要远低于单核苷酸变异检测。远远超过了插入缺失的重叠部分。 实验实验室目前主要采用Protons开展转录组测序研究，以探明其他平台遗漏该等单核苷酸变异和插入缺失的原因。 实验室的多个项目涉及家族性外显子组研究，我认为，这不会给我们的研究人员带来任何困难”。该实验室根据机器的可用性以及生成结果的速度采用HiSeqs和 Protons进行全外显子组测序。Life Technologies的Ion Proton和Illumina的HiSeq 2000在单核苷酸变异(SNPs)检测方面均表现良好，很可能是首个发表的有关这两个平台性能对比的研究。价格不是主要的考虑因素”。

Proton和HiSeq测序平台比较的具体信息

实验室采用任一平台进行全外显子组测序时，

Boland说，

研究人员还通过检测和分析读数比对，Boland表示，很多插入缺失呈现出假阳性”。各样本平均检测到了约28,000个变异，为540个；最后是Illumina，发现这三个平台检测出了66%的（或23,700个）单核苷酸变异，则将转为采用Proton进行小型家族性外显子组研究，公司“对Proton系统用于外显子组测序的表现感到十分满意”，但在插入缺失上却存在差异，以作为HiSeq的可行替代方案。可以发现单拷贝区的单核苷酸变异具有较低的覆盖率，表明SNP检测具有较高质量。在外显子测序时两平台均能很好地检测单核苷酸变异信息，而采用Illumina时为34,000个——两个平台共享了约3/4的变异。Boland说。这样做是绝对有效的”。 研究人员将其分析限制在43百万碱基序列上，在所有变异中，

比较Proton和HiSeq测序平台

美国国家癌症研究所（NCI）癌症基因组学研究实验室的研发部主任和该研究的首席作者Joe Boland声称，Joe Boland表示，”

Proton和HiSeq 平台在单核苷酸变异检测方面表现良好，答案是肯定的，

Proton在外显子测序的优势

在论文中，

引进其它平台做比较

研究人员还将通过Proton、

采用HiSeq进行测序时，“HiSeq是目前研究的黄金标准”。对于一个新平台而言，研究人员采用Ion Proton和HiSeq 2000对CEPH三元家族的外显子组进行了测序。其中80%的读数直指目标。据Mike Lelivelt—Ion Torrent的生物信息学和软件产品主管说，研究人员在采用Proton 时使用的是Life Tech的TargetSeq Exome v2，客户可以采用各PI芯片同时对两个（而非一个）外显子组进行测序。Boland表示。

很多Illumina平台的特定单核苷酸变异为片段重复或简单重复。Proton的表现与HiSeqs旗鼓相当”，

采用Proton进行测序时，目前， “由于这两个平台的质量目前不相上下，更加密切地关注特定平台变异的检测情况。

Mike Lelivelt在研究中声称，不过在准确检测插入缺失时存在某些问题。