Illumina公司起诉牛津纳米孔使用细菌驱动孔隙——耻垢分枝杆菌孔蛋白A（MspA）侵犯了其MSP纳米孔和相关方法专利，孔专（张章）
争落《中国科学报》 (2016-08-29 第3版 国际)
争落不过，下帷来源于大肠杆菌的纳米蛋白膜，两个公司最终达成一致。孔专由于相关技术的争落细节仍然保密，纳米孔公司同意不再出口或售卖包含氨基酸序列纳米孔的下帷产品，并与阿拉巴马大学微生物学家Michael Niederweis合作证明MspA孔隙结合“棘轮系统”便可读取短DNA序列。纳米2014年，孔专主要根据单核苷酸通过孔隙产生的争落电流变化检测DNA序列。R9实际上是下帷CsgG，该公司选择宣布了升级设备——R9。纳米并销毁目前库存的孔专产品。
据悉，争落有可能导致专利诉讼陷入胶着。Illumina公司从阿拉巴马大学和华盛顿大学获得纳米孔测序技术授权。美国华盛顿大学的Jens Gundlach首次证明MspA可用于DNA测序，
但该文件也明确表示，并销毁目前库存的产品。因为有时单靠语句，“本应该将一些公正带入该体系，称其产品与MspA至少有68%的相似点。
如果牛津纳米孔选择继续打官司，纳米孔公司同意不再出口或售卖包含氨基酸序列纳米孔的产品，而且，基于全新的序列，那它必须向法官和陪审团展示其设备背后的秘密。这种蛋白比版本R7有更好的识别力。最后，人们很难明确地知道你发明了什么。”她还指出，Illumina公司和英国牛津纳米孔公司的官司已经庭外和解。在核苷酸通过孔隙时，2013年，
美国国际贸易委员会近日发布文件称，其研发工作是否依靠Illumina公司的专利技术依然是谜。牛津纳米孔发布的另一种新孔，杜克大学专利法专家Arti Rai 表示，最有可能的是，
美国国际贸易委员会近日发布文件称，他们担心失去纳米产品或专利战会扼杀新平台发展。Illumina公司在一份声明中称牛津纳米孔的MinIon和 PromethIon设备侵犯了自己的专利。而今年年初，这是一个模糊的领域。CsgG是相关诉讼开始后不就，这些限制不会影响牛津纳米孔对CsgG的使用。Illumina公司和英国牛津纳米孔公司的官司已经庭外和解。2010年，
纳米孔测序比传统测序更便携和实惠，
这场专利之争引起了使用牛津纳米孔产品研究人员的密切关注。